Le testament très précis d'Edmond Huot de Goncourt, rédigé le 16 novembre 1884, nomme Alphonse Daudet exécuteur testamentaire afin qu'il fonde une société littéraire dont le but serait de créer chaque année un prix de 5000 francs destiné à un ouvrage de langue française. Edmond de Goncourt décède le 16 juillet 1896 et un projet de création de l'Académie Goncourt déposé le 6 juillet 1897 est aussitôt contesté en justice par des cousins d'Edmond qui perdent leur procès. Alphonse Daudet décède la 16 décembre 1897. Les cousins d'Edmond font appel de la décision de justice mais la future académie gagne finalement le procès le 1er mars 1900 grâce au talent de son avocat, Raymond Poincaré. L'Académie Goncourt est créée officiellement le 19 janvier 1903 et le premier prix Goncourt est décerné le 21 décembre 1903.

Aujourd'hui, en plus du prix Goncourt, de multiples titres faisant référence à ce nom récompensent les auteurs d'ouvrages littéraires, telles que le Goncourt de la poésie, le Goncourt des lycéens, le Goncourt des détenus, le Goncourt de la biographie, le Goncourt de la nouvelle et le Goncourt du premier roman.

La valeur initiale du prix Goncourt, 5000 francs, n'ayant pas été remise en cause de puis 1903, sa valeur réelle face à l'inflation est aujourd'hui de 10 euros, largement inférieure à d'autres prix beaucoup moins prestigieux mais plus lucratifs, tels que le prix mondial Cino Del Duca d'une valeur de 300 000 euros. La notoriété du prix Goncourt compense cependant largement la faible valeur du prix initial grâce au nombre important de tirages.